国家柑桔工程技术研究中心是国家科学技术部2007年批准组建的国家级柑桔科技创新与工程技术研发专门机构，2011年9月通过科技部综合验收。中心依托中国农业科学院柑桔研究所和重庆三峡建设集团有限公司组建，是我国果树行业的首个国家级工程技术研究中心，也是我国西南地区农业领域的首个国家级工程技术研究中心。